Este sistema lagunar-estuarino cuenta con cuatro bocas (San Felipe, Chipepte, San Felipe y Río Lagartos). En la laguna más interior el aporte de agua dulce es mínimo, alcanzando hasta 4 veces la salinidad del agua de mar y con esto un fuerte gradiente salino de oeste a este que podría aprovecharse para obtener electricidad una vez que se desarrolle la tecnología adecuada. La Ría cuenta con comunidades de dunas costeras, manglares, y otras comunidades vegetales como los tulares, los pastizales y los carrizales, la selva baja caducifolia inundable y petenes. La interacción entre estas comunidades explica la gran diversidad de flora y fauna en de esta localidad (Andrade, 1997). Aparte de los manglares de Petén, hay manglares de franja, de cuenca y mangle achaparrado. Las especies más comunes son Avicennia germinans, Rhizophora mangle, Conocarpus erectus y, menos abundante, Laguncularia racemosa. El manglar ocupa 24.3% de la superficie de la Reserva y la mayor parte se considera en buen estado de conservación.

Actualmente participamos en el proyecto CEMIE-Océano junto investigadores de diferentes especialidades para encontrar la mejor forma de integrar las actividades futuras de aprovechamiento de fuentes sustentables de energía eléctrica, pero manteniendo sustentablemente este sistema ecológico único en México y el mundo.