La fauna silvestre de México incluye alrededor de 958 especies animales que son endémicas al país, es decir que su distribución geográfica está restringida exclusivamente al territorio mexicano. Cerca de 200 de esas especies endémicas están presentes en Veracruz. Dentro de ese contingente hay unas 60 especies que solo existen en el estado de Veracruz, la mayoría de ellas habita en las regiones montañosas del centro de la entidad y de la zona de Los Tuxtlas. En general tienen requerimientos ecológicos muy particulares y, aunque pueden ser relativamente abundantes a nivel local, suelen estar confinadas a ambientes muy específicos, ocupando áreas geográficas muy reducidas; en ciertos casos su área de distribución ocupa apenas unos cuantos kilómetros cuadrados. Hay casos extremos de especies de fauna que son exageradamente raras, a las cuales únicamente se les conoce a partir de uno o dos ejemplares.

Un ave que solo se halla en Veracruz es la paloma perdiz tuxtleña Geotrygon carrikeri, que vive en los bosques tropicales de la región de Los Tuxtlas. A pesar de tener una distribución geográfica restringida, esta paloma fue relativamente común hasta finales de la década de 1950 en las áreas de bosque de los volcanes San Martín y Santa Martha; lamentablemente hoy en día sus poblaciones están declinando a causa de la destrucción y modificación de su hábitat. Entre los mamíferos exclusivos de Veracruz está la musaraña Cryptotis nelsoni, que solo ha sido vista en el Volcán San Martín Tuxtla. Esta musaraña fue descubierta para la ciencia en 1894 y desde entonces no se le había vuelto a ver, por lo que se le consideraba ya extinta, sin embargo en el año 2004, poco más de un siglo después de su descubrimiento, un grupo de investigadores logró encontrarla nuevamente en su ambiente natural. Un caso parecido, aunque mucho menos afortunado, es el de la tuza lanuda Orthogeomys lanius, conocida solo a partir de dos ejemplares encontrados en las inmediaciones del Pico de Orizaba, pero que desde su descubrimiento nunca más se le ha visto otra vez, por lo que se asume que está extinta. Otro mamífero endémico muy raro es el ratón de Xico Habromys simulatus, que solo ha sido observado en el bosque mesófilo de los alrededores de Xico y en la región de Huayacocotla.

Por lo menos una docena de especies de peces dulceacuícolas son únicas de los sistemas acuáticos de Veracruz. La mitad de ellas habita solo en la región de Los Tuxtlas, específicamente en el Lago de Catemaco y sus tributarios. Entre éstos peces figuran el topote Poecilia catemaconis, la pepesca Bramocharax caballeroi y el espada Xiphophorus milleri de Catemaco, así como el guatopote blanco Poeciliopsis catemaco el plateadito de La Palma Atherinella ammophila y el guayacón olmeca Priapella olmecae. Las aguas del Río Papaloapan son el hogar de los plateaditos del Hule Atherinella lisa y del Refugio Atherinella callida; anteriormente, en los tributarios de este río también vivía el guayacón bonito Priapella bonita, sin embargo ahora se le considera extinto y se ha sumado a otras 17 especies de peces dulceacuícolas endémicas al país que han sido llevadas a la extinción desde 1600 a la fecha. Otros peces endémicos al estado son: la  mojarra Herichthys deppii que se encuentra en los ríos Cazones y Nautla, el guayacón jarocho Gambusia rachowi que habita en el Río Coatzacoalcos y el espada del Río Atoyac Xiphophorus andersi.

En el caso de los reptiles, hay unas 17 especies de lagartijas y serpientes que son únicas de Veracruz. La región de Los Tuxtlas es el hogar de ocho de esas especies. Entre las más raras, conocidas a partir de un solo espécimen, están: la culebra caracolera Sibon linearis y la guarda caminos Conophis morai, ambas exclusivas de dicha región. Otros reptiles endémicos muy raros, por sus escasos registros, son el lagarto-escorpión del Monte Orizaba Mesaspis antauges, la culebra-ciempiés Tantilla slavensi y la culebra minera Geophis chalybeus.

De todos los grupos de vertebrados el de los anfibios es el que presenta el mayor número de especies endémicas a Veracruz, con más de 30 especies. La mayoría son ranas arborícolas y salamandras o tlaconetes, como se les nombrar regionalmente. Se caracterizan por tener rangos de distribución muy restringidos. Por ejemplo, los bosques de los alrededores de La Joya y Las Vigas son hogar exclusivo de la salamandra-pie plano pigmea Chiropterotriton lavae, y las salamandras Thorius minydemus y Thorius munificus. Un número importante de estas especies habita en los bosques situados entre el Pico de Orizaba y el Cofre de Perote, preferentemente en áreas de bosque mesófilo de montaña y de pino encino, donde abundan las bromelias -conocidas comúnmente como tenchos- que son usadas por varias especies como sitios de refugio y reproducción. Incluso, hay una especie de salamandra que recientemente fue descrita para la ciencia, se trata de la salamandra de cafetal Pseudoeurycea cafetalera, descubierta en el bosque mesófilo de Huatusco.

A pesar de su importancia, este singular y extraordinario legado biológico enfrenta un panorama muy precario para su supervivencia, debido a las grandes transformaciones que ha sufrido el paisaje veracruzano. Las aparentemente interminables selvas veracruzanas son cosa del pasado. Varias especies emblemáticas de la fauna silvestre de Veracruz  –como el tapir, el águila harpía y la guacamaya roja - han sido erradicadas del estado y las poblaciones de muchas otras están disminuyendo de forma preocupante. Las especies endémicas resultan más vulnerables a desaparecer que las especies con rangos de distribución más amplios, y mientras más pequeña sea su área de distribución mayor es el riesgo que corren de sufrir graves daños a causa de peligros como la contaminación, destrucción del hábitat, cacería o colecta.

Los expertos coinciden en que la destrucción del hábitat es la principal amenaza que enfrenta la mayoría de las especies endémicas para su existencia. Pero los anfibios y los peces padecen peligros adicionales. Por ejemplo, a nivel global, el incremento de la incidencia de radiación ultravioleta sobre el planeta parece estar afectando el éxito reproductivo de los anfibios. Por si fuera poco, además se ha detectado el ataque de un hongo patógeno que ha diezmado a las poblaciones de anfibios en varias partes del mundo. A nivel local también hay presiones; en el centro de Veracruz se acostumbra colectar tenchos para elaborar arcos florales o para comercializar la planta, pero la colecta excesiva de tenchos acarrea la desaparición de sitios de refugio y reproducción para los anfibios arborícolas. Los especialistas consideran que en México los anfibios están más amenazados que cualquier otro grupo de vertebrados. En cuanto a los peces endémicos, las actividades de pesca representan peligros adicionales, aun si están dirigidas hacia otras especies, en especial cuando se aplican técnicas ilegales, como uso de venenos o explosivos que acaban no solo con los individuos adultos sino que también mata a los juveniles. A esto hay que sumar la contaminación que aqueja a la mayoría de los cuerpos de agua del estado.

En caso de ser erradicadas de Veracruz, las especies que incluyen en su distribución geográfica a otros estados del país tienen la posibilidad de sobrevivir a partir de alguna de esas poblaciones, pero para las especies que son estrictamente endémicas a Veracruz su desaparición significa la extinción total. Esto no solo significa perder una especie única, de posible interés solo para los biólogos o taxónomos, sino que representa una merma en la funcionalidad de los servicios ambientales de los cuales depende el bienestar del ser humano.